Ở Iwakura, ông đã viết nhiều ý tưởng của mình và gửi cho triều đình hay những đồng minh chính trị ở Satsuma. Năm 1866, Tướng quân Iemochi qua đời, Iwakura nỗ lực để triều đình tiếp thu những sáng kiến về chính trị. Ông cố tập hơn các đại danh dưới danh nghĩa triều đình nhưng không thành công. Khi Thiên hoàng Hiếu Minh qua đời năm sau đó, có tin đồn rằng Iwakura âm mưu ám sát Thiên hoàng bằng thuốc độc, nhưng ông tránh khỏi bị bắt giữ.

Cùng với Okubo Toshimichi và Saigō Takamori, ngày 3 tháng 1 1868, ông thiết kế việc chiếm giữ Hoàng cung Kyoto bởi lực lượng trung thành với các phiên Satsuma và Chōshū, do đó, mở đầu cho cuộc Minh Trị Duy Tân.